Por que se chama "marionete"?
A etimologia mais aceita é francesa: marionnette é diminutivo de Marion, que por sua vez é diminutivo de Marie. Ou seja, a palavra que hoje designa um boneco de fios significa, literalmente, algo como "Mariazinha".
A explicação religiosa
A hipótese mais repetida — e a mais plausível — liga o nome às pequenas imagens da Virgem Maria usadas no teatro religioso medieval. Antes de virar entretenimento de feira, a figura móvel serviu à igreja: encenava episódios bíblicos e vidas de santos para plateias em boa parte analfabetas, onde uma imagem que se move ensina melhor que um sermão. O diminutivo carinhoso teria migrado da imagem sagrada para o objeto em geral.
Um detalhe idiomático
Vale notar que em português "marionete" e "fantoche" não são sinônimos, embora o uso corrente os misture. Marionete, no vocabulário técnico, é o boneco comandado por fios a partir de cima; fantoche é o boneco de luva, animado diretamente pela mão. Em inglês a distinção é ainda mais nítida: puppet é o termo guarda-chuva e marionette designa especificamente o boneco de fios. Já em francês, marionnette funciona como termo geral — o que explica boa parte da confusão em textos traduzidos.
E o sentido figurado?
O uso político da palavra — chamar alguém de "marionete" de outro — é bem posterior e explora a metáfora óbvia: quem tem os fios tem o comando. Curiosamente, essa metáfora já estava em Platão, muito antes da palavra existir: n'As Leis, ele descreve o ser humano como um boneco puxado por cordas divinas, com as paixões disputando o controle. Heinrich von Kleist inverteria essa leitura em 1810, argumentando que a marionete é mais graciosa que o humano justamente por não ter consciência de si.
Outros termos do ofício estão explicados no glossário.